A proposta em Fly Witch é bem simples: ajudar a bruxa a voar pela fase e chegar o mais distante possível sem bater nas caixas que estão no caminho.
A lógica vista aqui é idêntica à apresentada em Flappy Bird, então, é preciso estar preparado para pressionar várias vezes o botão que ajuda a protagonista a voar mais alto ou mesmo perder altitude para não bater.
Para conduzir a bruxa em Fly Witch, deve-se pressionar o botão esquerdo do mouse ou tocar na tela várias vezes para ela ganhar altitude ou não apertá-lo para perder um pouco de altura.
O objetivo principal é tentar chegar o mais distante possível nesse voo, e sua última melhor marca será gravada automaticamente pelo jogo para poder tentar se superar mais e mais vezes.